Gleba w kompozycji bonsai powinna być stale wilgotna więc bardzo ważne jest podlewanie rośliny. Drzewko należy podlewać raz dziennie w sezonie jesienno – wiosennym i niekiedy dwa razy w czasie lata. Woda do podlewania powinna być odstała i w temperaturze pokojowej. Oprócz tradycyjnego podlewania rośliny można ją również zraszać.
Bardzo ważne jest utrzymanie odpowiedniej wilgotności powietrza wokół rośliny. Niektóre z drzewek bonsai wytrzymują przesuszenie lub przelanie ale są i takie które gwałtownie reagują na wszelkie nieprawidłowości w wilgotności i na przykład zrzucają liście. Zazwyczaj razem z rośliną dostaje się opis jej wymagań co do wilgotności. Jeśli w informacji jest zapisane że podłoże powinno być lekko wilgotne to roślina nie znosi przelania ani przesuszenia. Podłoże dość wilgotne przez cały czas jest wymagane w przypadku na przykład wierzb a raczej suche wymagają sukulenty. Aby utrzymać odpowiednią wilgotność bardzo ważna jest jakość podłoża gdyż od niego zależny czy zdołamy ją utrzymać na odpowiednim poziomie.
Podlewać można na kilka sposobów i wszystko zależny od tego jaki preferuje właściciel drzewka. Jedną z najpopularniejszych metod jest nawadnianie poprzez zanurzanie rośliny. Roślinę w pojemniku zanurza się w większym z wodą tak aby woda sięgała do linii podłoża. Po nasiąknięciu doniczkę z bonsai wyjmuje się z wody i pozostawia do osączenia. Jest to metoda często stosowana przez doświadczonych bonsaistów. Najlepiej jednaj stosować metodę tradycyjną czyli podlewanie przy pomocy na przykład polewaczki. Należy wtedy tyle wody użyć aby ona przelała się dołem pojemnika przez otwory drenażowe.
Niekiedy kompozycja uniemożliwia tradycyjne nawadnianie bo na przykład bonsai posadzono na pagórku lub kamieniu to wtedy podłoże można nawodnić przez zraszanie. Zraszanie wykonuje się przy pomocy odpowiedniego spryskiwacza który powinien posiadać możliwość odpowiednio silnego rozpylenia wody. Najczęściej stosuje się spryskiwacze ciśnieniowe dzięki którym opryskuje się całe podłoże równomiernie.
