Ponieważ drzewka bonsai rosną zazwyczaj w płaskich naczyniach siłą rzeczy potrzebne do wzrostu składniki muszą być systematycznie dostarczane z zewnątrz. Nawożenie przeprowadza się w zależności od gatunku rośliny. Jeśli drzewko było przesadzane to przez pierwsze trzy tygodnie nie należy go nawozić jedynie systematycznie nawadniać. Można stosować różne nawozy.
Najpopularniejszym a jednocześnie najlepszym jest nawóz płynny. Nawóz płynny stosowany do nawożenia bonsai jest przeznaczony jedynie do nawożenia tego typu roślin. Przy jego stosowaniu należy uważać na odpowiednie dawkowanie zgodnie z zaleceniem producenta. Przedawkowanie może spowodować uszkodzenie korzeni.
Nawóz stały ma postać granulek które rozsypuje się po powierzchni ziemi. Jest to nawóz bezpieczny i trudno go przedawkować gdyż granulki rozkładają się równomiernie i powoli. Nawóz płynny można stosować również dolistnie i wtedy dozowany jest bezpośrednio na liście rośliny. Tego typu nawożenie wykonuje się przy pomocy spryskiwacza. Pryska się całą koronę dzięki czemu drzewko otrzymuje nie tylko odpowiednią ilość nawozu ale na dodatek jest dodatkowo nawilżane.
Jeśli w naszym domu jest małe zwierzę takie jak na przykład królik albo świnka morska to do nawożenia można użyć ich odchodów. Odchody układa się równomiernie na powierzchni ziemi i pozostawia do czasu aż całkowicie się rozłożą. Jako nawóz może również posłużyć mączka rybna, śruta rzepakowa, olej jadalny.
Jednym z najbardziej popularnych nawozów do bonsai jest skoncentrowany nawóz mineralny Florowit którego regularne stosowanie zapewnia prawidłowy wzrost i zdrowy wygląd rośliny. Kiedy nawozić a kiedy przerwać nawożenie zależy od gatunku drzewka. Jedne rośliny zimują inne rosną przez cały czas. Nawożenie zależy również od tego w jakim pomieszczeniu jest przetrzymywane bonsai. Jeśli jest to pomieszczenie o temperaturze około dziesięciu stopni Celsjusza to można nawozić do listopada. Zawsze należy stosować dawki mniejsze niż jest to wskazane w instrukcji szczególnie jeśli bonsai jest z drzewka iglastego. Drzewka liściaste powinny dostawać dawkę nawozu tak długo jak długo są zielone liście a później jak zżółkną i opadną zaprzestaje się podawania nawozu.
