Drzewka bonsai zawdzięczają swój charakterystyczny kształt specjalnym działaniom, które dotyczą między innymi właściwego przycinania pędów oraz gałązek. Jeżeli nie przecinałoby się ich, wówczas zamiast ładnego drzewka uzyskalibyśmy krzaczek o bliżej nieokreślonym kształcie. Zatem przez całe życie danej rośliny należy dbać o to, aby usuwać niepotrzebne pędy i formować ją według swoich oczekiwań. Wtedy roślina wypuści bardzo wiele nowych listków i pędów i ładnie się rozrośnie.
Zazwyczaj używa się do tego specjalnych narzędzi, na przykład małych sekatorów lub nożyczek, ale niektóre osoby używają do tego także paznokci. Jeżeli chcemy usunąć twardsze gałązki, to wtedy oczywiście potrzebujemy do tego ostrych narzędzi, jednak jeżeli chcielibyśmy przyciąć młode, dopiero co wyrosłe pędy, możemy użyć do tego właśnie paznokci. Bonsai dobrze znoszą przycinanie, ale należy uważać, aby nie uszkodzić drzewka za bardzo, ponieważ pędy mogą pousychać.
W przypadku iglastych roślin najlepiej sprawdzają się paznokcie, ponieważ młode świece można bardzo łatwo usunąć. Jeśli posiadamy jakiś gatunek liściastego bonsai, wtedy lepiej zastosować narzędzia. Trzeba uważać, które pędy usuwamy, ponieważ możemy je za bardzo skrócić. Konkretnych porad można poszukać w specjalnych książkach, a także znaleźć je w sieci. Najlepiej jednak samemu próbować modyfikować swoje drzewko, ponieważ dzięki takim czynnościom zyskamy potrzebne nam doświadczenie i za każdym razem przycinanie będzie nam szło jeszcze lepiej. Lepiej jest bowiem usunąć o jedną gałązkę za dużo niż nie przycinać rośliny w ogóle, w wyniku czego straci swój unikalny kształt i będzie rosła w górę zamiast na bok.
W zależności od przyjętej przez nas konwencji stylowej, modyfikujemy nasze bonsai także przy pomocy drutów, dzięki czemu będzie można uzyskać naprawdę ciekawe efekty wizualne. Jeśli dopiero zaczynamy swoją przygodę z miniaturowymi drzewkami, wtedy najlepiej wybrać dla siebie takie, które będzie od razu dobrze rozgałęzione i zadbane, ponieważ dla nowicjusza przycinanie gałązek może być dość trudne.